Pôvodná stanica sa nachádzala na východnej strane Karadžičovej ul. medzi Bajzovou ul. a Mlynskými nivami na trase konskej železnice vedenej od prístavu na Rázusovom nábreží do Svätého Jura, neskôr do Trnavy a Serede. Po prebudovaní na parnú prevádzku sem boli privedené i trate z Petržalky a Dunajskej Stredy. Vďaka vzniku viacerých priemyselných objektov v oblasti tu vznikla rozsiahla sieť vlečkových koľají, z ktorých torzo poslednej existuje ešte v súčasnosti na Mlynských nivách medzi budovou Autobusovej stanice a križovatkou Košická/Svätoplukova.
Rozširujúcemu sa mestu však úrovňové križovanie sa tratí a ciest spôsobovalo značné komplikácie, čoho následkom bolo vybudovanie koľajového "obchvatu" mesta medzi Starým mostom cez Prievoz, popri letisku do žst. Predmestie a Hlavnej stanice v 60-tych rokoch 20. storočia. Rozsah dopravy postupne klesal až do jej úplného zastavenia v 80. rokoch a postupného odstránenia koľají.
Železnice Slovenskej republiky plánujú obnoviť význam železnice v oblasti vybudovaním trate hlavne pod povrchom zeme, čím by stanica Bratislava-Nivy bola obnovená pod zemou. Projekt je súčasťou Dopravno-urbanistickej štúdie prepojenia koridorov TEN-T 4, 5 a 17 v Bratislave, ktorej najdôležitejšou časťou je práve trať Petržalka - Nivy - Filiálka - Slovany - Predmestie/letisko M. R. Štefánika. Na trať bolo schválené financovanie z prostriedkov Európskej únie a po dokončení sem majú premávať vlaky vnútroštátne, ale i z Rakúska, Nemecka, či Francúzska.

Chlapci z Dunajskej ulice
Sme - Bratislava 03.08.2007, Július SATINSKÝ - Romantické na Malej stanici bolo to, že ste si skutočne mohli kúpiť lístok do stanice Petržalka. Ďalej nie. Ďalej už boli hranice s Rakúskom, západná hranica tábora mieru. ďalej ste mohli cestovať len s cestovnou doložkou.
Uprostred mesta, kúsok za dolným koncom Dunajskej ulice, bola bratislavská Malá stanica. Ako vystrihnutá zo starých amerických grotesiek. ...